DNAマイクロアレイで得たデータは、遺伝子発現量がプローブごとに記述されています。一方KaPPA-View4の遺伝子データは、ゲノムがオープンになっている生物種については、各生物種のアノテーションチームが提供している遺伝子IDをもとに管理されています。KaPPA-Viewで解析をするためには、両者の対応関係を解決しなければなりません。特に、一つのプローブが複数の遺伝子を認識するような場合には、どのプローブのデータを採用するべきか迷ってしまうことがしばしばあります。

KaPPA-Averageは、このようなプローブIDと遺伝子IDの多対多の関係を整理し、「プローブID→発現データ」から「遺伝子ID→発現データ」に変換するソフトです。一つの遺伝子に複数のプローブが対応している場合、プローブのデータは平均化されます。